Cribado neonatal: presente y reflexiones sobre el futuro. Jornada de cierre del proyecto Pirepred

El próximo día 23 de junio de 2021 tendrá lugar la jornada de clausura del proyecto Pirepred, Red Transfronteriza de interpretación del cribado neonatal: de la mutación al paciente (http://pirepred.com/), perteneciente al Programa europeo de cooperación territorial POCTEFA 2014-2020 del que es coordinador el Profesor Javier Sancho.

Como resultados principales del proyecto se presentarán:

1-El Informe Pirepred sobre el cribado neonatal en España y en Francia, que recoge las recomendaciones de 16 expertos de distintas CCAA para mejorar los programas actuales de cribado neonatal y que incluye reflexiones sobre la extensión y armonización de los programas, la posible incorporación del cribado genético y del análisis bioinformático a los programas actuales, así como reflexiones bioéticas sobre la obtención de permisos y la gestión de datos.

2-El Servidor bioinformático Pirepred, una herramienta sencilla de ayuda a la interpretación genética diseñada para facilitar su utilización en los servicios de pediatría de los hospitales. Este servidor, de acceso abierto en internet, proporciona predicciones consenso sobre el carácter benigno o patogénico de las variantes genéticas más comunes relacionadas con las enfermedades cribadas en neonatos.

 

La agenda detallada de la jornada puede consultarla en jornada-de-cribado-neonatal-programa

Puede seguir las sesiones en estos enlaces:

https://zoom.us/j/91038978358

https://www.youtube.com/channel/UCgJs2cIx-GZu8ekuojL6OSg

El Servidor PirePred de predicción de patogenicidad ya está desarrollado para su uso

El Servidor PirePred de predicción de patogenicidad ya está desarrollado para su uso

El servidor PirePred (https://pirepred.bifi.es/) es uno de los más importantes éxitos resultado de actividades de colaboración en el marco del proyecto Pirepred. Es una herramienta de interpretación diseñada para médicos clínicos interesados en las relaciones genotipo/fenotipo de variantes clínicas encontradas en 58 genes relacionados con escenarios investigadas en programas de cribado neonatal.

Las “single nucleotide” variantes (SNVs) “missense”, “nonsense” y con desplazamiento de marco de lectura inscritas en la base de datos ClinVar se rescatan en tiempo real y se presentan en el contexto estructural de la proteína original. Para cada variante, se muestran clasificaciones binarias (tolerado / perjudicial) obtenidas de 16 predictores populares, junto con una clasificación ternaria de consenso (tolerado / incierto / perjudicial).

Por otra parte, también permite ver las predicciones para todas las posibles variantes de un solo aminoácido (SAVs) que surgen desde las SNV en estos genes.

Pirepred está inmerso en la recta final de la elaboración del informe consenso de recomendaciones sobre el cribado neonatal.

Pirepred está inmerso en la recta final de la elaboración del informe consenso de recomendaciones sobre el cribado neonatal.

Tras unos meses preparando la metodología para la realización del informe, a finales de octubre de 2020 pusimos todo el proceso en marcha. En estos momentos nos queda muy poco para tener ya listo un sólido informe de recomendaciones sobre el cribado neonatal y poderlo presentar oficialmente.

En la elaboración del informe están participando un buen número de expertos provenientes de diferentes especialidades y de distintas Comunidades Autónomas. Están representados pediatras y responsables de programas de cribado neonatal −también bioquímicos y bioinformáticos relacionados con cribado− que pertenecen a las CCAA de Andalucía, Aragón, Cantabria, Cataluña, Galicia, Madrid, Murcia, Navarra y Comunidad Valenciana. El proceso que se está siguiendo es un método mixto, anónimo en cuanto a las respuestas de los formularios presentados, pero abierto a debate y planteamiento de conclusiones mediante reuniones virtuales de puesta en común y discusión de los resultados. Las reuniones de debate no se han podido realizar de forma presencial debido a las medidas de control sanitario vigentes.

El grupo de expertos que participa en la elaboración de este informe de recomendaciones ha mostrado una gran implicación y ha participado activamente en las reuniones del 14 y del 22 de enero en las que se debatió sobre las declaraciones/recomendaciones. En estos momentos nos encontramos en la segunda vuelta del proceso y acabamos de enviar un nuevo formulario para reevaluar tras el debate algunas recomendaciones que estaban en el límite de ser clasificadas como consensuadas y a las que se ha mejorado la redacción. De esta forma, sabremos si las incluimos o no en nuestro informe de recomendaciones.

Excelente difusión de los resultados de Pirepred en el ámbito científico-tecnológico

Excelente difusión de los resultados de Pirepred en el ámbito científico-tecnológico

El proyecto Pirepred están dando importantes resultados de investigación como muestran un buen número de artículos científicos publicados en relación al proyecto y gracias a la financiación POCTEFA.

Con esta difusión, se asegura que el conocimiento generado pueda ser aprovechado por otros grupos de la comunidad científica y tecnológica internacional.

 

Puedes consultar los artículos en los siguientes links:

 

Nuevo artículo con resultados obtenidos gracias a la financiación POCTEFA para Pirepred

Nuevo artículo con resultados obtenidos gracias a la financiación POCTEFA para Pirepred

Dos miembros del equipo de investigación del proyecto Pirepred pertenecientes a la Universidad de Zaragoza, acaban de publicar un artículo en la revista Journal of Clinical Virology titulado Insights into immune evasion of human metapneumovirus: novel 180- and 111-nucleotide duplications within viral G gene throughout 2014-2017 seasons in Barcelona, Spain.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1386653220303322

Nuevos avances científicos en Pirepred fruto de la cooperación: Caracterización estructural de mutaciones patológicas de proteínas involucradas en enfermedades detectadas por los programas de cribado neonatal

Nuevos avances científicos en Pirepred fruto de la cooperación: Caracterización estructural de mutaciones patológicas de proteínas involucradas en enfermedades detectadas por los programas de cribado neonatal

Miembros del CSIC y del BSC que participan en Pirepred acaban de publicar este interesante artículo en Proteins: Integrative modeling of protein‐protein interactions with pyDock for the new docking challenges (https://doi.org/10.1002/prot.25858).

Este trabajo describe la caracterización estructural de mutaciones patológicas anotadas en un conjunto de proteínas involucradas en enfermedades detectadas por los programas de cribado neonatal, con el objetivo de estimar su posible impacto a nivel molecular, fundamentalmente en cuanto a la interacción con otras proteínas.

En base a las estructuras tridimensionales disponibles para los complejos formados por dichas proteínas, se ha encontrado que las mutaciones patológicas estudiadas están enriquecidas en las superficies de interacción con otras proteínas, en comparación con las mutaciones neutras, lo que podría ayudar a explicar su carácter patogénico.

Además, en algunos casos se ha completado la caracterización energética mediante cálculos computacionales y modelado estructural, desarrollando un protocolo que podría aplicarse a gran escala.

Pirepred en la revista Human Mutation

Pirepred en la revista Human Mutation

La revista Human Mutation ha publicado este septiembre de 2019 un número especial con el título general The Fifth Critical Assessment of Genome Interpretation (CAGI5), dedicado a la investigación más reciente de diferentes grupos internacionales (ver 2019-human_mutation_index) que trabajan en la temática de Pirepred.

En este número tiene protagonismo por partida doble el grupo de Bioinformática Clínica y Traslacional del VHIR, uno de los grupos bioinformáticos que participan en Pirepred.

Por una parte, aparece publicado su artículo titulado BRCA1- and BRCA2-specific in silico tools for variant interpretation in the CAGI 5 ENIGMA challenge (Natàlia Padilla et al., https://doi.org/10.1002/humu.23802), que recoge el trabajo realizado por dicho grupo en una temática directamente relacionada con el proyecto Pirepred.

Y por otra, hay que destacar que un diseño realizado por Selen Özkan y Xavier de la Cruz (miembros del grupo del VHIR), basado en los resultados del artículo, mencionado ha sido seleccionado para la portada de la revista.

Tanto el grupo de Bioinformática Clínica y Translacional del VHIR como el conjunto de la red Pirepred podemos estar de enhorabuena de que un artículo y una portada relacionada con Pirepred hayan alcanzado este reconocimiento.

Importante reconocimiento científico internacional a un socio de Pirepred

Importante reconocimiento científico internacional a un socio de Pirepred

La metodología de predicción desarrollada por el grupo del VHIR ha quedado en segundo lugar para todos los indicadores en el desafío internacional CAGI 5 abierto a toda la comunidad científica (https://genomeinterpretation.org en el que participaron.

Natàlia Padilla y otros investigadores, liderados por Xavier de la Cruz, presentaron sus resultados aplicando sus herramientas de predicción de mutaciones al reto propuesto y una vez los evaluadores analizaron todas las predicciones de los diferentes grupos, han clasificado esta metodología desarrollada en el VHIR (con financiación Pirepred, entre otras) en segundo lugar. Esta información aparecerá publicada próximamente en la revista Human Mutation y el VHIR también publicó su metodología (artículo).

Este reconocimiento da prestigio internacional a este socio de Pirepred y solidez al método desarrollado para su uso en predicción de patogenicidad de variantes (mutaciones) en el cribado neonatal.

El resultado de la colaboración: Structural and Computational Characterization of Disease-Related Mutations Involved in Protein-Protein Interfaces

El resultado de la colaboración: Structural and Computational Characterization of Disease-Related Mutations Involved in Protein-Protein Interfaces

Este artículo describe un trabajo colaborativo entre los grupos de Xavier de la Cruz (VHIR) y Juan Fernández-Recio (CSIC), en el que se han caracterizado cerca de 3000 mutaciones patológicas en 58 proteínas asociadas a enfermedades detectadas en los programas de cribado neonatal.

La interpretación de datos mutacionales en este conjunto de proteínas es del máximo interés clínico en cuanto a la posibilidad en el futuro de la aplicación de la secuenciación genética a gran escala para detectar enfermedades en cribado neonatal.

En este trabajo se han llevado a cabo una serie de análisis estructurales, energéticos y computacionales de todos los complejos entre proteínas en los que las mutaciones estudiadas podrían estar involucradas. Se ha observado que las variantes relacionadas con enfermedad se encuentran más frecuentemente en la zona central de la superficie de interacción entre proteínas, mientras que las variantes neutras tienden a localizarse en la zona exterior de la superficie de interacción. Estos resultados contribuyen a un mejor conocimiento de las enfermedades a nivel molecular y podrán ayudar a los profesionales de la práctica clínica a tomar decisiones de diagnóstico y tratamiento de forma más precisa.